FBAマルチチャネルサービスを自動で行いたいと思っています。XMLを利用することはできますか？

はい。出品者は、独自のXML/API(Application Programming Interfaces)を使用して、 Amazon.co.jpとダイレクトにデータ交換を行うことができます。 APIについて詳しくは、こちらの「FBA出品者向けAmazon MWS」をご覧ください。